A linha de pesquisa qualidade de sistemas ambientais abrange a análise dos processos aquáticos e atmosféricos do semiárido brasileiro, propondo a geração de conhecimento para o entendimento do efeito da ação humana na dinâmica ambiental da região, proporcionando a formação de profissionais que atuem no diagnóstico, na prevenção e na solução de problemas ambientais, buscando a melhoria da qualidade sócio-ambiental.

Nessa linha de pesquisa objetiva se o desenvolvimento de alternativas tecnológicas, inovadoras e de baixo custo, voltadas para os processos biotecnológicos, físicos e químicos aplicados ao tratamento e pós-tratamento de água de abastecimento e resíduos. As alternativas tecnológicas a serem desenvolvidas estarão orientadas principalmente para o atendimento das demandas regionais de docentes pesquisadores e especialistas de alto nível com habilidades para detectar e resolver problemas de saneamento básico e ambiental.